หน่วยงานในสังกัดกรม

• สำนักส่งเสริมการขนส่งทางน้ำและพาณิชยนาวี
• ศูนย์ฝึกพาณิชยนาวี
• สำนักพัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำ
• ศูนย์ควบคุมการจราจรและความปลอดภัยทางทะเล
• ศูนย์พัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำที่ ๓ (ตรัง)
• ศูนย์พัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำที่ ๔ (สงขลา)
• ศูนย์พัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำที่ ๖ (สุราษฎร์ธานี)
• ศูนย์พัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำที่ ๘ (ขอนแก่น)
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๑ สาขาเชียงใหม่
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๑ สาขานครสวรรค์
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๑ สาขาเชียงราย
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๑ สาขาพิษณุโลก
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๑ สาขาแพร่
• ่สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๒ สาขาอยุธยา
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๓ สาขาสมุทรสงคราม
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๓ สาขาประจวบคีรีขันธ์
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๓ สาขากาญจนบุรี
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๓ สาขาสมุทรสาคร
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๔ สาขาสงขลา
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๔ สาขาปัตตานี
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๔ สาขาสุราษฎร์ธานี
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๔ สาขานครศรีธรรมราช
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๔ สาขานราธิวาส
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๔ สาขาเกาะสมุย
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๕ (ภูเก็ต)
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๕ สาขาภูเก็ต
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๕ สาขาตรัง
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ค สาขาระนอง
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๕ สาขากระบี่
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๕ สาขาสตูล
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๖ สาขาตราด
• สนง.เจ้าท่าภูมิภาคที่ ๗ สาขาอุบลราชธานี
• สำนักนำร่อง
• สถานีนำร่อง(ศรีราชา)
• ความร่วมมือด้านการป้องกันและขจัดมลพิษ
  ทางทะเลเนื่องจากน้ำมันในอนุภูมิภาคอ่าวไทย
• กลุ่มงานคุ้มครองจริยธรรมของกรมเจ้าท่า

หน่วยงานในสังกัดกระทรวงคมนาคม

• สำนักงานปลัดกระทรวงคมนาคม
• กรมการขนส่งทางบก
• กรมการขนส่งทางอากาศ
• กรมทางหลวง
• กรมทางหลวงชนบท
• สำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจราจร
• การท่าเรือแห่งประเทศไทย
• การทางพิเศษแห่งประเทศไทย
• การรถไฟแห่งประเทศไทย
• การรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย
• องค์การขนส่งมวลชนกรุงเทพ
• สถาบันการบินพลเรือน
• บริษัท การบินไทย จำกัด(มหาชน)
• บริษัท ขนส่ง จำกัด
• บริษัท ท่าอากาศยานไทย จำกัด(มหาชน)
• บริษัท ไทยเดินเรือทะเล จำกัด
• บริษัท วิทยุการบินแห่งประเทศไทย จำกัด

หน่วยงานราชการ

• กองทัพเรือไทย
• กองบังคับการตำรวจน้ำ
• กรมศุลกากร
• กรมอุตุนิยมวิทยา
• การปิโตรเลียมแห่งประเทศไทย
• กรมธุรกิจพลังงาน กระทรวงพลังงาน
• กรมเชื้อเพลิงพลังงาน กระทรวงพลังงาน
• การนิคมอุตสาหกรรมแห่งประเทศไทย
• ศูนย์ปราบปรามน้ำมันเถื่อน
• ไทยอาสาป้องกันชาติในทะเล
• สถานเอกอัคราชฑูต ณ เวียงจันทน์

หน่วยงานเอกชน

• สมาคมเจ้าของเรือและตัวแทนเรือกรุงเทพ
• สมาคมเจ้าของเรือไทย
• สมาคมตัวแทนออกของรับอนุญาตไทย
• สมาคมผู้รับจัดการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศ
• สภาผู้ส่งสินค้าทางเรือแห่งประเทศไทย

สถาบันศึกษา

• ศูนย์ฝึกพาณิชยนาวี
• โรงเรียนนายเรือ
• สถาบันการขนส่งจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
• วิทยาลัยการขนส่งและโลจีสติกส์ มหาวิทยาลัยบูรพา