สำนักงานการขนส่งทางน้ำที่ 3 (สมุทรสงคราม) มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้

1. ดำเนินการตามพระราชบัญญัติการเดินเรือในน่านน้ำไทย ,พระราชบัญญัติเรือไทย ,พระราชบัญญัติป้องกันเรือโดนกัน , อนุสัญญาและกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง

2. ปฏิบัติงานร่วมกันหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย

เขตพื้นที่ความรับผิดชอบ รับผิดชอบในเขตพื้นที่จังหวัดสมุทรสงคราม ,สมุทรสาคร ,เพชรบุรี ,ประจวบคีรีขันธ์ ,กาญจนบุรี ,ราชบุรี ,นครปฐม และสุพรรณบุรี

หน้าที่หลักในการให้บริการประชาชน ได้แก่ การอนุญาตให้ทำการขุดลอกร่องน้ำ การอนุญาตให้กระทำสิ่งล่วงล้ำลำน้ำ ตรวจความปลอดภัยในการขนส่งทางน้ำ การขอจดทะเบียนเรือใหม่ การขอต่อใบอนุญาตใช้เรือ การขอเปลี่ยนแปลงรายการเรือ การขอมีหนังสือคนประจำเรือ การชี้แนวเขต การออกประกาศนียบัตรฝ่ายช่างกลและการออกประกาศนียบัตรฝ่ายเดินเรือ เป็นต้น