สำนักงานการขนส่งทางน้ำที่ 6 (ชลบุรี) มีอำนาจหน้าที่ตามราชกิจจานุเบกษา ดังนี้

1. ดำเนินการตามกฎหมายว่าด้วยการเดินเรือในน่านน้ำไทย กฎหมายว่าด้วยเรือไทย กฎหมายว่าด้วยการป้องกันเรือโดนกัน กฎหมายว่าด้วยการส่งเสริมการพาณิชยนาวี และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้องตามที่ได้รับมอบหมายในเขตที่อธิบดีกำหนด

2. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย

เขตพื้นที่ความรับผิดชอบ รับผิดชอบในเขตพื้นที่ 9 จังหวัด คือ ฉะเชิงเทรา ,นครนายก ,ปราจีนบุรี ,สระแก้ว ,ชลบุรี ,ระยอง ,จันทบุรี ,ตราด ,สมุทรปราการ

หน้าที่หลักในการให้บริการประชาชน ได้แก่ การอนุญาตให้ทำการขุดลอกร่องน้ำ การอนุญาตให้กระทำสิ่งล่วงล้ำลำน้ำ ตรวจความปลอดภัยในการขนส่งทางน้ำ การขอจดทะเบียนเรือใหม่ การขอต่อใบอนุญาตใช้เรือ การขอเปลี่ยนแปลงรายการเรือ การขอมีหนังสือคนประจำเรือ การชี้แนวเขต การออกประกาศนียบัตรฝ่ายช่างกลและการออกประกาศนียบัตรฝ่ายเดินเรือ เป็นต้น