1.พระยาวิสูตรสาครดิษฐ์
(กัปตันจอห์น บุช)
เจ้ากรม
พ.ศ. 2396 - 2434

2.นาวาโท พระยานาวาพลพยุหรักษ์
(ม.ร.ว.พิณ สนิทวงศ์)
เจ้ากรม
พ.ศ. 2439 - 2444

3.พระยาวิสูตรสาครดิษฐ์
(เทียน ประทีปะเสน)
เจ้ากรม
พ.ศ. 2444 - 2458

4.พระยาวิสูตรสาครดิษฐ์
(สาย โชติเสถียร)
เจ้ากรม
พ.ศ. 2458 - 2472

5.พระยาสาครวิสัย
(ม.ล.เป้า อิศรางกูร ณ อยุธยา)
เจ้ากรม
พ.ศ. 2472 - 2475

6.พลเรือตรี พระยาศรยุทธเสนี
(ประแสร์ ประวาหะนาวิน)
เจ้ากรม
พ.ศ. 2475 - 2477

7.นาวาเอก พระชำนาญนาวากล
(เนียม วัชรเสถียร)
รักษาราชการแทนอธิบดี
26 ก.ย. 2477 - 21 เม.ษ.2478

8.นาวาเอก หลวงสินธุสงครามชัย
(สินธุ กมลนาวิน)
รักษาราชการแทนอธิบดี
22 เม.ย. 2478 - 16 พ.ค. 2479

9.นาวาโท พระภารสมุทร์
(ฉุย นุติประภา)
อธิบดี
19 พ.ค. 2479 - 28 ม.ค. 2490

10.นาวาตรี หลวงตรณีณัติการ
(ต่า กาญจนจูฑะ)
รักษาราชการแทนอธิบดี
29 ม.ค. 2490 - 30 มิ.ย. 2492

11.นาวาเอก พระพิจารณ์กลจักร์
(สวัสดิ์ พันธุมคุปต์)
อธิบดี
1 ก.ค. 2492 - 24 ม.ค. 2500

12.เรือเอก หลวงตรีกลรักษ์
(บุญนาค เทศวิศาล)
อธิบดี
19 ก.พ. 2500 - 1 ม.ค. 2501

13.พลเรือตรี เอกไชย อิศรางกูร ณ อยุธยา
อธิบดี
1 เม.ย. 2501 - 30 ก.ย. 2505

14.นาวาโท พร เดชดำรง
อธิบดี
3 พ.ย. 2505 - 2 พ.ค. 2506

15.เรือเอก ประทีป พยอมยงค์
อธิบดี
3 พ.ค. 2506 - 30 ก.ย. 2509

16.เรือเอก บุญเลื่อน ซุ่นทรัพย์
อธิบดี
1 ต.ค. 2509 - 7 มี.ค. 2519

17.นาวาโท พิสิษฐ สุนสะธรรม
อธิบดี
8 มี.ค. 2519 - 26 ธ.ค. 2519

18.เรือเอกประภา บูรณดิลก
อธิบดี
27 ธ.ค. 2519 - 30 ก.ย. 2521

19.นายอำพล ตียาภรณ์
รักษาราชการแทนอธิบดี
1 ต.ค. 2521 - 8 พ.ย. 2521
อธิบดี
1 ต.ค. 2527 - 30 ก.ย. 2530
1 ต.ค. 2532 - 30 ก.ย. 2535

20.พลเรือตรี ประกิจ ประจวบเหมาะ
อธิบดี
9 พ.ย. 2521 - 23 ต.ค. 2526

21.เรือเอก ลักษณ์ คเชนทร์ชัย
อธิบดี
24 ต.ค. 2526 - 30 ก.ย. 2527

22.เรือเอก ชิต อ่องสุวรรณ
อธิบดี
1 ต.ค. 2530 - 30 ก.ย. 2532

23.นายเสถียร วงศ์วิเชียร
อธิบดี
1 ต.ค. 2535 - 30 ก.ย. 2537

24.เรือโทวิทย์ วรคุปต์
อธิบดี
1 ต.ค. 2537 - 30 ก.ย. 2540
1 ต.ค. 2543 - 30 ก.ย. 2544

25.นายจงอาชว์ โพธิสุนทร
อธิบดี
1 ต.ค. 2540 - 30 ก.ย. 2543

26.นายวันชัย ศารทูลทัต
อธิบดี
1 ต.ค. 2544 - 30 ก.ย. 2547

27.นายประสงค์ ตันมณีวัฒนา
อธิบดี
1 ก.พ. 2550 - 17 ต.ค. 2551

28.นายชลอ คชรัตน์
อธิบดี
18 ต.ค. 2551 - 30 ก.ย. 2553

29.นายถวัลย์รัฐ อ่อนศิระ
อธิบดี
1 ต.ค. 2547 - 31 ม.ค. 2550
1 ต.ค. 2553 - ปัจจุบัน