กรมการขนส่งทางน้ำและพาณิชยนาวี หรือกรมเจ้าท่าเดิมเป็นหน่วยงานในสังกัดกระทรวงคมนาคม มีภารกิจที่สอดประสานไปกับกระแสการพัฒนาประเทศ และสอดคล้องกับความต้องการของประชาชน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านของการส่งเสริมการพัฒนาระบบการขนส่งทางน้ำ และการพาณิชย์นาวีให้เชื่อมต่อกับระบบการขนส่งอื่นๆ ทั้งการขนส่งผู้โดยสารและสินค้า มีการส่งเสริมและพัฒนาท่าเรือ อู่ต่อเรือ กองเรือไทย และกิจการที่เกี่ยวเนื่อง เพื่อให้ประชาชนได้รับความสะดวก รวดเร็ว ทั่วถึง และปลอดภัยและรวมไปถึงการสนับสนุนภาคการส่งออกของประเทศไทยให้มีความเข็มแข็งเพิ่มศักยภาพและขีดความสามารถในการแข่งขันกับนานาประเทศ

การขับเคลื่อนของทุกกลไกภายในองค์กรสอดประสานและโยงใยเข้าด้วยกัน เพื่อให้การปฏิบัติภารกิจ และการดำเนินงานก้าวไปข้างหน้าโดยมีวิสัยทัศน์ที่ว่า ต้องพัฒนาระบบการคมนาคมขนส่งทางน้ำให้เกิดความสะดวกรวดเร็ว ปลอดภัย และมีประสิทธิภาพ มีการจัดการสิ่งแวดล้อมที่ดี ตลอดจนสนับสนุนให้มีการกระจายการขนส่งทางน้ำอย่างเหมาะสม และมีความเชื่อมโยงอันเป็นการเพิ่มศักยภาพในการแข่งขันด้านการค้า และบริการนำไปสู่การยกระดับคุณภาพชีวิตของประชาชนและได้จัดแบ่งภารกิจตามกรอบแนวทางหลัก 4 ประการ คือ

• ด้านการคมนาคมทางน้ำกับภารกิจในการขุดลอก บำรุงรักษาสภาพของแหล่งน้ำ สร้างเขื่อนป้องกันการพังทลายของตลิ่ง และป้องกันการกัดเซาะ ควบคุมดูแลยานพาหนะ ตรวจสภาพเรือและจดทะเบียนเรือ ควบคุมการจราจรทางน้ำ เพ่อความสะดวกและปลอดภัย การจัดสร้างอนุญาต ควบคุมและดูแลท่าเรือ การพัฒนา ดูแลการนำร่องในเขตท่าเรือต่างๆ
• ด้านกิจการพาณิชย์นาวี มีภารกิจเกี่ยวกับการส่งเสริมการขนส่งสินค้าทางน้ำ เพื่อความปลอดภัย ประหยัด และลดต้นทุน การสนับสนุนด้านการประกอบกิจการท่าเรือ อู่ต่อเรือ และการขนส่งทางทะเล การผลิตบุคลากรด้านการพาณิชย์นาวีที่มีคุณภาพ
• ด้านการสนับสนุนส่งเสริมการท่องเที่ยวทางน้ำ ในแม่น้ำสายสำคัญ และการท่องเที่ยวทางทะเล ด้วยการจัดสร้างท่าเรือ ณ แหล่งท่องเที่ยวต่างๆ พร้อมกับการควบคุมการบริการให้ได้มาตรฐานและปลอดภัย
• และภารกิจด้านการรักษาสภาพแวดล้อมทางน้ำ มีการควบคุมดูแลการทิ้งของเสียลงสู่แม่น้ำและทะเล การควบคุมดูแลไม่ให้มีการบุกรุกหรือการก่อสร้างสิ่งล่วงล้ำลำน้ำ รวมไปถึงการกิจในการขจัดคราบน้ำมัน